La gestion des arrêts maladies, accidents du travail et maladies professionnelles est souvent perçue comme compliquée pour les entreprises qui doivent, d’une part faire face à la désorganisation liée à l’absence du salarié et, d’autre part accomplir les formalités administratives avec la Sécurité Sociale.
Souvent les employeurs ont recours à la subrogation de salaire afin de permettre à leurs salariés en arrêt maladie de bénéficier d’un maintien complet ou partiel de la rémunération, il s’agit d’une situation confortable pour le salarié mais cela suppose également de savoir correctement établir le montant des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) à verser en paie au collaborateur.
Pour les entreprises sans service RH et ou social, cette formalité peut devenir un vrai casse-tête. Le versement des indemnités par la subrogation impose aussi en interne des contrôles supplémentaires pour s’assurer que les remboursements des IJSS avancées ont bien été effectués et sur cet aspect, les erreurs pénalisent toujours l’entreprise !
Simplicia fait le point dans cet article sur vos obligations employeur et vous explique les points de contrôle qui s’imposent pour suivre les écarts entre les IJ versées et les IJ reçues sur le BPIJ.
Arrêt de travail : comprendre le calcul des IJSS
En cas d’arrêt de travail pour maladie, les IJSS doivent être déterminées par la sécurité sociale. Si l’entreprise pratique la subrogation, le gestionnaire de paie doit lui-même chiffrer la valeur des IJSS nettes imposables, tout en respectant les règles en vigueur.
Voici étape par étape le mode opératoire dès la déclaration d’un arrêt maladie :
- L’attestation de salaire est établie par l’employeur et la CPAM prend en compte chacun des mois de salaire reportés.
- Puis pour son calcul, la sécurité sociale prend en compte ces trois mois de rémunération en plafonnant chacun d’eux à hauteur de 1,8 fois le SMIC mensuel (calculé sur la base de la durée légale et selon la valeur du SMIC horaire en vigueur le dernier jour du mois civils précédant l’arrêt de travail).
- Les trois mois de salaire sont cumulés et divisés par 91,25, on obtient alors le salaire journalier de base (SBJ).
- Le SBJ est multiplié par :50 % dans le cas général.
- 2/3 pour le salarié ayant au moins trois enfants et dont l’arrêt de travail se prolonge au-delà de 30 jours.
On obtient alors les IJSS brutes.
Les IJSS font partie de la catégorie des revenus de remplacement et à ce titre sont soumises aux cotisations CSG/CRDS, selon un régime particulier :
IJSS nettes = IJSS brutes moins 6,70%
( 6,20% au titre de la CSG et 0,50 % au titre de la CRDS)
Il ne faut pas oublier que les 3 premiers jours ne sont pas indemnisables (délai de carence), sauf dans le cas particulier des arrêts maladie successifs en rapport avec une affection de longue durée.
Ce qu’il faut bien comprendre c’est qu’en principe les indemnités journalières de Sécurité sociale sont normalement versées par la CPAM, l’employeur est amené toutefois en faire l’avance au salarié et en percevoir ensuite le montant par la CPAM avec le régime de la subrogation.
De plus, avec le déploiement du prélèvement à la source, qui s’applique à l’ensemble des indemnités journalières, dès lors qu’elles sont imposables, c’est à l’organisme qui verse les revenus de procéder au prélèvement du montant de l’impôt sur le revenu : dans le cas des IJ subrogées, c’est à l’employeur réalisant la subrogation de réaliser le prélèvement.
Voir aussi : Le guide complet 2020 de la subrogation de salaire IJSS Employeur
Les logiciels de paie permettent dorénavant un calcul précis des indemnités journalières mais ce n’est pas le cas de tous, une vigilance particulière est à apporter dans tous les cas à la gestion des arrêts maladies.
Ecarts : quelles raisons ?
Plusieurs raisons majeures sont en cause dans les écarts constatés sur le BPIJ entre IJSS perçues et celles dues par la CPAM.
Selon la société KMSI : “25 à 30 % des arrêts maladie ne sont jamais remboursés par les organismes sociaux aux entreprises”.
Les décalages de paiement sont souvent occasionnés par des retards de traitement sur les dossiers des assurés, faute d’avoir les documents fournis par le salarié permettant l’étude/l’ouverture des droits.
Par exemple, il n’y aura aucun déclenchement d’indemnités si votre collaborateur n’a pas fourni un extrait d’acte de naissance avec l’attestation de paternité.
Pour bénéficier de ses indemnités journalières, le salarié doit remplir les conditions de mise en place du maintien de salaire, à savoir :
- La transmission dans les 48 heures de son arrêt de travail à la CPAM et à son employeur.
- Avoir 1 an d’ancienneté, sauf dispositions spécifiques de la convention collective.
- Réaliser le suivi des soins en France ou dans un État membre de l’espace européen.
Par ailleurs, bien que l’assurance maladie informe, en cas de blocage, l’employeur qui pratique la subrogation, le salarié pourrait bénéficier d’un trop-perçu de salaire si ses droits au regard de la prestation sociale sont modifiés. De plus, la sécurité sociale peut également infliger des sanctions en cas de non-respect des obligations du salarié en arrêt de travail (minoration du montant des IJ ou suspension du versement).
Devenez incollable en écarts d’IJ avec notre article .
BPIJ : l’outil de suivi des IJSS
Les BPIJ sur net-entreprises permettent de suivre les versements de la CPAM et de faire un rapprochement précis des IJSS reçues et des IJSS attendues en paie par salarié.

Net-entreprises-fr
Comprendre les écarts et retards vous permet de contacter la CPAM pour chaque différence de somme ou chaque arrêt en souffrance afin de maîtriser ce qui a été traité ou ce qui bloque le dossier et pouvoir agir en conséquence. Attention : Il est impossible de récupérer les IJ dues après le délai de prescription.
En cas de subrogation, nous vous recommandons de vérifier ces 2 points :
- Être vigilant lors de la déclaration des dates de l’arrêt de travail : la date de début d’arrêt de travail et celle indiquée par le médecin sur le certificat d’arrêt. Celle-ci a une incidence directe pour le calcul du délai de carence et cette erreur peut bloquer la subrogation.
- Mettre en place un système de contrôle des versements IJSS en interne : fortement sollicités, les services de la sécurité sociale n’ont pas toujours le temps de vous prévenir du blocage de votre dossier. Pointez chaque anomalie et contactez la Caisse afin d’être remboursé des sommes avancées.
Comment consulter les BPIJ ?
Pour consulter les bordereaux d’indemnités journalières, il suffit de se connecter sur la portail net-entreprises, dans la rubrique “attestation de salaire” pour avoir accès aux bordereaux BPIJ.
Le règlement par date comptable et ou par numéro de sécurité sociale peut être recherché directement.
Pour en savoir +, consultez notre article “ L’importance de suivre vos IJSS/BPIJ ”